academic-pipeline

Academic Pipeline v3.15.0 — 全套學術研究工作流統籌器

輕量級的統籌協調器（Orchestrator），負責管理從研究探索到論文定稿的完整學術流程。本工具本身不執行實質內容撰寫，僅負責辨識階段、推薦模式、分派 Skill、管理階段過渡與追蹤狀態。

路由規範 (v3.9.2)： 跨 Skill 路由規則請參閱 .claude/CLAUDE.md 中的 "Routing Discipline (v3.9.2)" 以及 shared/references/intent_clarification_protocol.md。本 Skill 預設路由已判定完成——模糊或跨階段的材料應已在上游澄清完畢。

v3.6.3（可選啟用）： 設定 ARS_PASSPORT_RESET=1 可將 FULL 檢查點提升為上下文重置邊界（context-reset boundaries）。在新的工作階段中可使用 resume_from_passport=<hash> 從已記錄的階段繼續執行。詳情請參閱 references/passport_as_reset_boundary.md。

v3.8（可選啟用）： 設定 ARS_CLAIM_AUDIT=1 可在階段 4 → 階段 5 的過渡期啟用 L3 主張真實性審核關卡（claim-faithfulness audit gate）。啟用此標記時，統籌器會在 v3.7.1 引用出處確認器（Cite-Time Provenance Finalizer）執行之後、以及 formatter_agent 的硬性關卡之前，分派 claim_ref_alignment_audit_agent。該審核會依據 8 行矩陣輸出 claim_audit_results[] + uncited_assertions[] + claim_drifts[] + constraint_violations[] + audit_sampling_summaries[] 聚合結果；若觸發高風險警告（HIGH-WARN），格式化工具的拒絕規則（REFUSE rules 6-10）將會拒絕輸出。v3.8.0 預設關閉——漸進啟用計畫延後至校準證據完成後實施（詳見規格書 §5 模式標記說明）。請參閱 agents/claim_ref_alignment_audit_agent.md 與統籌器 §3.6 內文。

v2.0 核心改進：

1. 強制使用者確認檢查點 — 每個階段完成後，皆須經過使用者確認方可進入下一步
2. 學術誠信驗證 — 論文完成後、送交審查前，必須 100% 通過引用與數據驗證
3. 兩階段審查 — 初次全面審查 + 修改後的重點複查
4. 最終誠信檢查 — 修改完成後，再次確認所有引用與數據 100% 正確無誤
5. 可複現性 — 標準化工作流，每次都能產出一致的品質保證
6. 過程紀錄檔 — 階段 6 會生成一份「論文創作過程紀錄」PDF，記錄人機協作歷史（在完成整個流程的最終確認前交付）

快速開始

完整工作流（從零開始）：

I want to write a research paper on the impact of AI on higher education quality assurance

--> 啟動 academic-pipeline，從階段 1（RESEARCH）開始

中途切入（已有論文草稿）：

I already have a paper, help me review it

--> academic-pipeline 偵測到中途切入，從階段 2.5（INTEGRITY）開始

修改模式（已收到審稿意見）：

I received reviewer comments, help me revise

--> academic-pipeline 偵測到審稿意見，從階段 4（REVISE）開始

從護照恢復（跨工作階段上下文重置，可選啟用）：

resume_from_passport=<hash> [stage=<n>] [mode=<m>]

--> 載入材料護照（Material Passport, Schema 9），尋找與 <hash> 相符且未被後續 kind: resume 條目消耗的 kind: boundary 條目。若設定了 pending_decision，會先觸發決策提示以在審計日誌中記錄使用者的分支選擇；即使使用者指定了 stage=，提示也絕不會被跳過。提示結束後（或若無 pending_decision 則立即）：下一階段依以下優先順序判定：(a) CLI 指定的 stage=<n> 覆寫，(b) 匹配選項的 next_stage，(c) 邊界條目中記錄的 next 欄位。CLI 的 stage=/mode= 覆寫優先於選項路由。

• 門檻（產生邊界）：發出邊界的工作階段必須設定 ARS_PASSPORT_RESET=1。若未設定標記，將不會寫入任何 kind: boundary 條目，亦無法進行恢復。
• 門檻（恢復執行）：無需設定標記。任何工作階段皆可對帶有相符雜湊值有效邊界條目的護照呼叫 resume_from_passport=<hash>。
• 使用意圖：請在全新的 Claude Code 工作階段中呼叫。在產生邊界的同一工作階段中恢復不會節省 Token，且可能遺失尚在運作中的工作階段上下文。
• 適用階段：任何階段。依上述路由規則判定的階段恢復執行。
• 參考資料：references/passport_as_reset_boundary.md — 詳見 §"resume_from_passport 模式合約"。

執行流程：

1. 偵測使用者當前階段與現有材料
2. 為每個階段推薦最佳模式
3. 為每個階段分派對應的 Skill
4. 每完成一個階段後，主動提示並等待使用者確認
5. 全程追蹤進度；可隨時查看工作流狀態儀表板（Pipeline Status Dashboard）

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觸發條件

觸發關鍵字

English: academic pipeline, research to paper, full paper workflow, paper pipeline, end-to-end paper, research-to-publication, complete paper workflow

한국어: 학술 파이프라인, 연구부터 논문까지, 논문 전체 워크플로, 연구 주제 설정부터 논문 완성까지, 연구-논문 전 과정

非觸發情境

情境	應使用的 Skill
僅需搜尋資料或進行文獻探討	deep-research
僅需撰寫論文（無需研究階段）	academic-paper
僅需審查論文	academic-paper-reviewer
僅需檢查引用格式	academic-paper（citation-check 模式）
僅需轉換論文格式	academic-paper（format-convert 模式）

觸發排除事項

• 若使用者僅需單一功能（如僅搜尋資料、僅檢查引用），則不需要使用管線——直接觸發對應的 Skill 即可
• 若使用者已在執行特定 Skill 的某個模式，請尊重該入口點；管線為可選啟用
• 本工作流為可選功能，非強制使用

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工作流階段（10 個階段）

階段	名稱	呼叫的 Skill / Agent	可用模式	交付物
1	RESEARCH	deep-research	socratic, full, quick	研究問題簡報（RQ Brief）、研究方法、參考書目、綜合分析
2	WRITE	academic-paper	plan, full	論文初稿
2.5	INTEGRITY	integrity_verification_agent	pre-review	誠信驗證報告 + 修正後論文
3	REVIEW	academic-paper-reviewer	full (含 Devil's Advocate)	5 份審查報告 + 編輯決策 + 修改路線圖
4	REVISE	academic-paper	revision	修改稿、審稿意見回覆信
3'	RE-REVIEW	academic-paper-reviewer	re-review	複查報告：修改回覆對照表 + 殘留問題
4'	RE-REVISE	academic-paper	revision	二次修改稿（視需要）
4.5	FINAL INTEGRITY	integrity_verification_agent	final-check	最終驗證報告（必須達 100% 通過方可繼續）
5	FINALIZE	academic-paper	format-convert	論文定稿（預設 MD；支援時經 Pandoc 轉 DOCX，否則提供轉換說明；詢問 LaTeX 需求；確認正確性；PDF）
6	PROCESS SUMMARY	orchestrator	auto	論文創作過程紀錄 MD + LaTeX 轉 PDF（雙語）

平行化機會（v3.3）：在階段 2 中，academic-paper Skill 的 Phase 1（literature_strategist_agent）與 visualization_agent 可在 Phase 2（structure_architect_agent）完成大綱後平行運作。具體而言：

• 大綱包含視覺化計畫後，visualization_agent 即可開始生成圖表
• 同時，argument_builder_agent 可建立 CER 論證鏈
• draft_writer_agent 將等待兩者皆完成後再開始 Phase 4

這參考了 PaperOrchestra 在完成大綱（步驟 1）後平行執行圖表繪製（步驟 2）與文獻回顧（步驟 3）的設計，可降低管線的總延遲。平行化為可選項——為求簡潔，預設仍為順序執行。

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工作流狀態機

1. 階段 1 RESEARCH -> 使用者確認 -> 階段 2
2. 階段 2 WRITE -> 使用者確認 -> 階段 2.5
3. 階段 2.5 INTEGRITY -> PASS -> 階段 3（FAIL -> 修正並重新驗證，最多 3 輪）
4. 階段 3 REVIEW -> Accept -> 階段 4.5 / Minor|Major -> 階段 4 / Reject -> 階段 2 或結束
5. 階段 4 REVISE -> 使用者確認 -> 階段 3'
6. 階段 3' RE-REVIEW -> Accept|Minor -> 階段 4.5 / Major -> 階段 4'
7. 階段 4' RE-REVISE -> 使用者確認 -> 階段 4.5（不再返回審查）
8. 階段 4.5 FINAL INTEGRITY -> PASS（零問題）-> 階段 5（FAIL -> 修正並重新驗證）
9. 階段 5 FINALIZE -> MD -> 支援時經 Pandoc 轉 DOCX（否則提供說明）-> 詢問 LaTeX 需求 -> 確認 -> PDF -> 完成檢查點（FULL）-> 階段 6（使用者可放棄階段 6：標記為 skipped，管線直接轉為 completed）
10. 階段 6 PROCESS SUMMARY -> 詢問語言版本 -> 生成過程紀錄 MD -> LaTeX -> PDF -> 終端確認（finish / end / done / confirm 或明確的自然語言同義詞）-> 管線全域狀態設為 completed

完整狀態過渡定義請參閱 references/pipeline_state_machine.md。

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自適應檢查點系統

⚠️ 鐵律 — 核心規則：每完成一個階段，系統必須主動提示使用者並等待確認。檢查點的呈現型態會根據上下文與使用者參與度進行自適應調整。

檢查點類型

類型	使用時機	內容
FULL	首個檢查點；誠信邊界之後；階段 5 完成時（最終交付物驗收）	完整交付物清單 + 決策儀表板 + 所有選項
SLIM	在非關鍵階段連續 2 次以上回應「繼續」後	單行狀態 + 明確的繼續/暫停提示
MANDATORY	誠信驗證失敗（FAIL）；審查決策；階段 5 入口關卡（定稿前）	不可跳過；必須輸入明確的使用者指令

決策儀表板（於 FULL 檢查點顯示）

━━━ 階段 [X] [名稱] 完成 ━━━

指標：
- 字數：[N]（目標：[T] +/-10%）    [OK/OVER/UNDER]
- 參考文獻：[N]（最少：[M]）         [OK/LOW]
- 涵蓋率：[N]/[T] 章節已撰寫完成    [COMPLETE/PARTIAL]
- 品質指標：[得分，若有]

交付物：
- [材料 1]
- [材料 2]

標記事項：[偵測到的任何問題，若無則顯示 "None"]

準備好進入階段 [Y] 了嗎？您也可以：
1. 查看進度（輸入 "status"）
2. 調整設定
3. 暫停工作流
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自適應規則

1. 首個檢查點：一律為 FULL
2. 連續 2 次以上未審閱即回應「繼續」：提示使用者注意（「您已連續繼續 [N] 次。是否需要審閱進度？」）
3. 誠信邊界（階段 2.5, 4.5）：一律為 MANDATORY
4. 審查決策（階段 3, 3'）：一律為 MANDATORY
5. 定稿前（階段 5 入口關卡）：一律為 MANDATORY — 即位於以下階段之間的檢查點