academic-pipeline

Academic Pipeline v3.15.0 — 全流程学术研究工作流编排器

一个轻量级编排器，负责管理从课题探索到最终文稿的完整学术研究管线。它本身不承担具体的实体写作或研究工作，仅负责识别当前阶段、推荐工作模式、调度对应 Skill、控制阶段跳转并全程追踪状态。

路由规范 (v3.9.2)： 跨 Skill 路由规则参见 .claude/CLAUDE.md 中的“Routing Discipline (v3.9.2)”及 shared/references/intent_clarification_protocol.md。本 Skill 默认路由已被决断——任何跨阶段的模糊材料应已在上游完成澄清。

v3.6.3（可选开启）： 设置 ARS_PASSPORT_RESET=1 可将完整检查点（FULL checkpoint）提升为上下文重置边界。在新 Session 中使用 resume_from_passport=<hash> 即可从记录的阶段断点续传。详情参见 references/passport_as_reset_boundary.md。

v3.8（可选开启）： 设置 ARS_CLAIM_AUDIT=1 可在阶段 4 → 阶段 5 转换时启用 L3 级别论断忠实度审计关卡（claim-faithfulness audit gate）。启用该标志后，编排器将在 v3.7.1 引用时追溯终结器（Cite-Time Provenance Finalizer）之后、formatter_agent 刚性关卡之前调度 claim_ref_alignment_audit_agent。审计将根据 8 行矩阵输出 claim_audit_results[] + uncited_assertions[] + claim_drifts[] + constraint_violations[] + audit_sampling_summaries[] 聚合数据；高警示级别（HIGH-WARN）的类别将通过格式化器的 REFUSE 规则 6-10 拒绝输出。v3.8.0 默认关闭——全量推广计划推迟至校准证据收集完毕后（规范 §5 模式标志推导）。详见 agents/claim_ref_alignment_audit_agent.md 及编排器 §3.6 正文。

v2.0 核心改进：

1. 强制用户确认检查点 — 每完成一个阶段，都必须获得用户确认后才能进入下一步
2. 学术诚信校验 — 论文初稿完成后、提交评审前，必须 100% 通过文献引用与数据校验
3. 两轮同行评审 — 首轮全方位盲审 + 修改后的针对性复核评审
4. 终极学术诚信检查 — 完成修改后，重新核对所有引用与数据，确保 100% 准确无误
5. 可复现流程 — 标准化工作流，保证每次运行均有稳定一致的质量把控
6. 过程痕迹归档 — 阶段 6 自动生成“论文创作过程记录”PDF，完整记载人机协同历史（在最终确认完成管线前交付）

快速开始

全流程模式（从零开始）：

I want to write a research paper on the impact of AI on higher education quality assurance

--> 启动 academic-pipeline，从阶段 1（RESEARCH）开始

半途切入（已有初稿）：

I already have a paper, help me review it

--> academic-pipeline 自动识别中途切入，从阶段 2.5（INTEGRITY）开始

修改模式（收到审稿意见）：

I received reviewer comments, help me revise

--> academic-pipeline 自动识别，从阶段 4（REVISE）开始

基于护照恢复（跨 Session 上下文重置，可选功能）：

resume_from_passport=<hash> [stage=<n>] [mode=<m>]

--> 加载材料护照（Material Passport，Schema 9），定位匹配 <hash> 的 kind: boundary 条目，并确认后续没有消耗该条目的 kind: resume 条目。若设置了 pending_decision，系统将优先触发决策提示以在审计账本中记录用户的分支选择；即使用户显式传入 stage=，该提示也不会被跳过。提示完成后（或若无 pending_decision 则立即执行），下一步阶段由以下规则确定：(a) 优先使用命令行指定的 stage=<n> 重写参数；(b) 其次使用匹配选项中的 next_stage；(c) 最后使用 boundary 条目中记录的 next 字段。命令行传入的 stage=/mode= 重写优先级高于选项路由。

• 触发门槛（写入生成）：生成护照的 Session 必须配置 ARS_PASSPORT_RESET=1。未配置该标志时，不会写入任何 kind: boundary 条目，也就无法进行断点续传。
• 调用门槛（断点续传）：无需配置标志。任何 Session 均可针对包含匹配哈希且有效 boundary 条目的护照调用 resume_from_passport=<hash>。
• 设计意图：请在全新的 Claude Code Session 中调用。在生成边界的同一 Session 中恢复无法节省 Token，甚至可能丢失当前仍活跃的上下文。
• 适用阶段：任意阶段。将根据上述路由规则决定的阶段继续运行。
• 参考文档：references/passport_as_reset_boundary.md —— 参见“resume_from_passport mode contract”章节。

执行流程：

1. 自动检测用户当前所处的阶段及现有材料
2. 为每个阶段推荐最佳工作模式
3. 调度各阶段对应的 Skill 执行任务
4. 每完成一个阶段，主动提示并等待用户确认
5. 全程追踪进度；随时可查看管线状态仪表盘（Pipeline Status Dashboard）

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触发条件

触发关键词

English: academic pipeline, research to paper, full paper workflow, paper pipeline, end-to-end paper, research-to-publication, complete paper workflow

한국어: 학술 파이프라인, 연구부터 논문까지, 논문 전체 워크플로, 연구 주제 설정부터 논문 완성까지, 연구-논문 전 과정

不触发场景

使用场景	应当调用的 Skill
仅需检索文献材料或开展文献综述	deep-research
仅需撰写论文（无需前期研究阶段）	academic-paper
仅需对已有论文进行审稿	academic-paper-reviewer
仅需检查引用格式	academic-paper（citation-check 模式）
仅需转换论文格式	academic-paper（format-convert 模式）

排除条件

• 若用户仅需要单一功能（如仅检索文献、仅检查引用），无需启动管线——请直接触发对应的独立 Skill
• 若用户已经在运行某一 Skill 的特定模式，应尊重该入口；管线采用自主开启（opt-in）机制
• 编排管线为可选辅助工具，非强制要求

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管线阶段（共 10 个阶段）

阶段	名称	调用的 Skill / Agent	可用模式	阶段交付物
1	RESEARCH	deep-research	socratic, full, quick	研究问题简报（RQ Brief）、方法论、参考文献集、综合综述
2	WRITE	academic-paper	plan, full	论文初稿
2.5	INTEGRITY	integrity_verification_agent	pre-review	诚信校验报告 + 修正后论文
3	REVIEW	academic-paper-reviewer	full (含 Devil's Advocate 模式)	5 份审稿报告 + 主编决议（Editorial Decision）+ 修改路线图
4	REVISE	academic-paper	revision	修改后论文、审稿意见逐条回复表（Response to Reviewers）
3'	RE-REVIEW	academic-paper-reviewer	re-review	复审校验报告：意见落实清单 + 遗留问题
4'	RE-REVISE	academic-paper	revision	二次修改稿（如有必要）
4.5	FINAL INTEGRITY	integrity_verification_agent	final-check	最终校验报告（必须达到 100% 通过率方可继续）
5	FINALIZE	academic-paper	format-convert	论文终稿（默认 MD；若环境支持 Pandoc 则导出 DOCX，否则提供转换指引；询问 LaTeX 需求；确认无误；PDF）
6	PROCESS SUMMARY	orchestrator	auto	论文创作过程记录 MD + LaTeX 转 PDF（中英双语）

并行执行优化（v3.3）：在阶段 2 内，当 Phase 2（structure_architect_agent）完成大纲梳理后，academic-paper Skill 的 Phase 1（literature_strategist_agent）与 visualization_agent 可并行运转。具体逻辑：

• 一旦大纲中包含了图表绘制计划，visualization_agent 即可启动图表生成；
• 与此同时，argument_builder_agent 可并行构建主张-证据-推理（CER）链条；
• draft_writer_agent 将等待上述两项任务均完成后再启动 Phase 4 写作。

该机制参考了 PaperOrchestra 在生成大纲（Step 1）后并行执行图表生成（Step 2）与文献综述（Step 3）的设计，显著降低了整条管线的运行时延。并行化为可选特性，默认保持简单顺次执行。

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管线状态机

1. 阶段 1 RESEARCH -> 用户确认 -> 阶段 2
2. 阶段 2 WRITE -> 用户确认 -> 阶段 2.5
3. 阶段 2.5 INTEGRITY -> 通过（PASS） -> 阶段 3（未通过（FAIL） -> 修正并重新校验，最多 3 轮）
4. 阶段 3 REVIEW -> 接收（Accept） -> 阶段 4.5 / 小修/大修（Minor|Major） -> 阶段 4 / 拒稿（Reject） -> 退回阶段 2 或终止
5. 阶段 4 REVISE -> 用户确认 -> 阶段 3'
6. 阶段 3' RE-REVIEW -> 接收/小修（Accept|Minor） -> 阶段 4.5 / 大修（Major） -> 阶段 4'
7. 阶段 4' RE-REVISE -> 用户确认 -> 阶段 4.5（不可再退回审稿）
8. 阶段 4.5 FINAL INTEGRITY -> 通过（PASS，零遗留问题） -> 阶段 5（未通过（FAIL） -> 修正并重新校验）
9. 阶段 5 FINALIZE -> MD -> 环境支持时通过 Pandoc 导出 DOCX（否则提供指引） -> 询问 LaTeX 需求 -> 确认无误 -> PDF -> 阶段完成检查点（FULL） -> 阶段 6（用户可拒绝进行阶段 6：标记为 skipped，管线直接进入 completed 状态）
10. 阶段 6 PROCESS SUMMARY -> 询问语言版本 -> 生成过程记录 MD -> LaTeX -> PDF -> 最终终结确认（finish / end / done / confirm 或明确无误的自然语言同义词） -> 管线全局状态标记为 completed

完整的状态转换定义见 references/pipeline_state_machine.md。

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自适应检查点系统

⚠️ 铁律 — 核心规则：每完成一个阶段，系统必须主动提示用户并等待确认。检查点的展示形式会根据上下文和用户的参与度自动自适应调节。

检查点类型

类型	适用场景	包含内容
FULL	首次检查点；诚信校验边界完成后；阶段 5 完成（终稿交付验收）	完整交付物列表 + 决策仪表盘 + 所有可用选项
SLIM	非关键阶段连续收到 2 次以上“继续”指令后	单行状态简报 + 明确的继续/暂停提示
MANDATORY	诚信校验未通过；收到审稿决议；进入阶段 5 前门槛（定稿前）	绝不可跳过；必须输入明确指令

决策仪表盘（FULL 检查点时展示）

━━━ 阶段 [X] [名称] 已完成 ━━━

指标数据:
- 字符/字数统计: [N] (目标: [T] +/-10%)    [OK/OVER/UNDER]
- 参考文献数量: [N] (最少: [M])              [OK/LOW]
- 完成度覆盖: 已撰写 [N]/[T] 个章节           [COMPLETE/PARTIAL]
- 质量评估指标: [如有评分则展示]

阶段交付物:
- [材料 1]
- [材料 2]

待关注异常: [检测到的潜在问题，无则显示“无”]

是否准备好进入阶段 [Y]？您还可以：
1. 查看完整进度（回复 "status"）
2. 调整参数配置
3. 暂停管线运行
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自适应规则

1. 首次检查点：必须为 FULL 模式
2. 连续 2 次以上未审阅直接回复“继续”：触发主动提醒（“您已连续快速跳过 [N] 次阶段，是否需要仔细审阅当前进度？”）
3. 诚信校验关卡（阶段 2.5, 4.5）：必须为 MANDATORY 模式
4. 审稿决议环节（阶段 3, 3'）：必须为 MANDATORY 模式
5. 进入定稿流程前（阶段 5 入口关卡）：必须为 MANDATORY 模式 —— 这是进入定稿前的关键节点